La resistencia de los chichimecas a la conquista española es otro de los aspectos que han marcado la importancia histórica de esta cultura. A lo largo del siglo XVI, los chichimecas mantuvieron una férrea lucha contra los invasores europeos, que buscaban someter su territorio y expandir el dominio de la corona española. Esta resistencia no solo fue militar, sino también cultural, pues los chichimecas se negaron a perder su identidad y sus tradiciones frente al empuje colonizador. A través de un sistema de guerrilla que aprovechaba el conocimiento profundo del terreno, los chichimecas lograron repeler durante décadas los intentos de los españoles de dominar sus tierras. La guerra chichimeca, como se le denomina, se convirtió en una de las confrontaciones más largas de la historia de la colonización en América, durando desde 1550 hasta casi finales del siglo XVII.

La resistencia chichimeca, aunque finalmente se vio superada por el poderío militar de los españoles, tuvo repercusiones decisivas en la historia de la Nueva España. No solo obligó a los colonizadores a reformular sus estrategias de conquista y asentamiento, sino que también permitió que muchos aspectos de la cultura chichimeca perduraran en el tiempo, influyendo en la conformación del mestizaje y la identidad mexicana posterior. A través de los siglos, las prácticas de caza, las costumbres de los pueblos del norte, sus formas de organización comunitaria y sus tradiciones espirituales se amalgamaron con las de otros pueblos indígenas y los colonizadores, dando lugar a un mestizaje cultural que sigue vivo en diversas expresiones del México contemporáneo.